华南农业大学校友会于1992年6月经广东省民政厅批准登记注册成立。其宗旨是：在中国共产党领导下，遵守国家政策和法规，遵守社会道德风尚，在宪法和法律允许的范围内开展活动；密切校友与校友、校友与母校、校友会与海内外校友会之间的联络，服务广大校友；继承和发扬母校的优良传统，互相策励，团结合作，共同为母校的改革、发展和祖国的现代化建设事业贡献力量。

广东省华南农业大学教育发展基金会于2010年12月经广东省民政厅核准登记注册，是具有法人资格的非营利性公益组织。教育发展基金会的成立缘于学校百年校庆，2009年华南农业大学迎来了百年华诞，社会各界和广大校友高度关注并给予大力支持，捐款捐物支持百年校庆工作，在学校设立各种奖助学金、基金项目，文化、绿化、美化校园环境建设等等，有力推进了学校的建设和发展。为更好地规范社会捐资管理，充分发挥社会捐赠在学校教育事业发展中的作用，学校决定成立教育发展基金会，并得到了广东省民政厅、财政厅等政府有关部门的大力支持。

2014年7月，校友会、教育发展基金会秘书处从校长办公室独立出来，成立一个处级单位，设置校友会、教育发展基金会秘书长1人，校友会、教育发展基金会副秘书长2人。